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  • Génomique et big data : le CEA et Biofacet développent un logiciel de traitement de données

    Le démarrage de la seconde phase d’un développement logiciel de traitement de données de séquençage à haut débit (NGS), c’est ce qu’ont annoncé le Centre national du génotypage du CEA et la société Biofacet le 9 octobre 2016.

    L’objectif de cette nouvelle phase est de produire une plate-forme logicielle de stockage, d’organisation et d’interrogation de variants de séquences issus de données NGS sur des génomes complets, faisant suite à la validation d’une étude pilote conduite en 2015 sur des exomes.

    Interroger à grande échelle des banques de données nationales ou internationales

    La communauté scientifique peine à exploiter la masse des données cumulée par les programmes de séquençage. Les technologies classiques se heurtent à l’explosion de production de ces données, ainsi qu’a la spécificité de leur domaine.

    L’ambition consiste à croiser massivement des données de variants de séquences tout en les exploitant finement : repérer les variants d’un génome, recouper à grande échelle pour déceler des profils de variants communs afin de constituer un outil de recherche puissant, ainsi qu’une aide au diagnostic et à la prise en charge des patients.

    Pour ce faire, le CEA et Biofacet ont développé les spécifications d’un système de gestion de base de données capable de stocker et d’interroger à très grande échelle des banques de données nationales ou internationales de variants provenant de séquençage d’exomes ou de génomes complets (WGS).

    Une nouvelle technologie de traitement

    Il en résulte une technologie intégrée dans le logiciel Biofacet, qui offre la possibilité d’agréger et interroger des études sur des milliers d’échantillons. Afin de réaliser un couplage optimisé entre données numériques et phénotypiques, la technologie élaborée permettant notamment :

    • L’interrogation « profonde » des données, c’est-à-dire la possibilité d’établir des requêtes sur la totalité des valeurs produites par des SNP-callers et ce pour chaque position du génome (3 milliards de nucléotides pour le génome humain).
    • L’interrogation mixant les génotypes et phénotypes, ciblant ainsi les causes ou effets potentiels des variants de séquences liés à des pathologies.
    • L’ajout incrémental d’échantillons

    Jean-François Deleuze, directeur du CNG précise que « le développement de la médecine de précision ne pourra se concrétiser sans des outils capables d’analyser rigoureusement les données de variants à très grande échelle. De par sa couverture massive, le séquençage Whole Genome introduit une rupture technologique, non couverte par les outils classiques du Big Data ».

  • Cancer du sein : la plateforme ESME (Unicancer) rassemble les données de 14 000 patientes

    « Centraliser les données des dossiers patients, pharmaceutiques, médicaux et administratifs, PMSI », c’est ce qui permet à la plateforme ESME de disposer en octobre 2016 les données de plus de 14 000 patientes traitées pour un cancer du sein métastatique prises en charge dans un CLCC entre 2008 et 2013 (données centralisées chez AZ Network, hébergeur agréé de données de santé). Il s’agit de la source européenne d’information la plus importante dans ce domaine.

    Alors que pour la 23ème année consécutive en France, la campagne de lutte contre le cancer du sein « Octobre Rose » est organisée du 1er octobre 2016 au 15 novembre 2016, HTI fait le point sur les apports du programme ESME lancé par Unicancer.

    Le programme ESME a été développé grâce au soutien financier de trois premiers partenaires industriels: Pierre Fabre, Pfizer et Roche. D’ici 2019, les données de 30 000 patientes prises en charge jusqu’en 2018 seront collectées.

    « Le programme ESME (Épidémio-Stratégie  MédicoÉconomique) né sous l’impulsion de R&D UNICANCER, constitue la plus grande plateforme de données de vie réelle sur les patients traités pour un cancer en France. Il s’agit d’une avancée unique pour mieux comprendre les stratégies thérapeutiques et évaluer l’utilisation des traitements dans les cancers. Contrairement aux essais cliniques randomisés, ESMÉ s’intéresse à l’ensemble des patients traités pour un cancer du sein métastatique. Le suivi des patients par les médecins est personnalisé et n’est donc pas standardisé comme dans un essai clinique », souligne Mathieu Robain, directeur du programme ESME.

    L’extension de ce programme au cancer de l’ovaire et au cancer du poumon est actuellement à l’étude.

    Décrire la réalité de la prise en charge

    Lancé en 2014, le programme ESMÉ de R&D UNICANCER marque une nouvelle façon de faire de la recherche sur les cancers à partir du recueil et du traitement de données.

    Le programme ESMÉ, Épidémiologie et Stratégie MédicoÉconomique, met à disposition des chercheurs et cliniciens des informations cliniques issues de la pratique courante reportées dans les dossiers médicaux et extraites des bases de données de l’ensemble des CLCC (chacun des centres contributeurs n’ayant accés qu’aux données qu’il a lui même fournies).

    Ces données sont centralisées après retour systématique au dossier médical par des attachés de recherche clinique spécifiquement formés. Il n’y a aucune création de nouvelles données, mais uniquement une structuration des données pour permettre de décrire la réalité de la prise en charge des patients et évaluer l’impact des stratégies thérapeutiques dans le traitement du cancer.

    Des données multi-sources

    Les données anonymisées sont issues des sources médicales disponibles dans les établissements (dossiers patients, pharmaceutiques, médicaux et administratifs, PMSI…). Elles apportent des informations sur l’histoire et les caractéristiques de la maladie cancéreuse, sur sa prise en charge médicale et sur les événements cliniques au cours de la prise en charge (progression, décès…).

    Exhaustivité, qualité, indépendance

    La centralisation des données s’appuie sur trois caractéristiques majeures: une sélection exhaustive des patients à partir d’une méthodologie « multi-sources », une démarche qualité avec un processus de validation poussée, ainsi qu’une totale indépendance dans la mise en œuvre et dans l’exploitation des données. Afin de garantir l’impartialité du programme, les partenaires industriels peuvent demander des analyses spécifiques, mais n’ont aucun accès aux données. Une fois cette demande acceptée par le comité scientifique, R&D UNICANCER prépare le plan d’analyse statistique, réalise l’analyse avec le soutien des experts des CLCC puis adresse un rapport avec l’ensemble des analyses effectuées. Les données sont présentées sous forme agrégée, sans information individuelle. À côté du comité scientifique présidé par le Dr David Pérol, un comité de déontologie est chargé de la prévention des conflits d’intérêts. En plus de la nécessaire autorisation de la CNIL (Commission nationale de l’informatique et des libertés), un Comité de Protection de la Personne (CPP) a été officiellement informé de cette initiative.

    Une volonté d’ouverture aux chercheurs

    La plateforme de données se destine également à la recherche académique. Chaque Centre accède librement à ses propres données. Pour accéder à la base globale, un projet doit être déposé au Comité scientifique. À ce jour, 23 projets émanant des Centres ont été présentés. Les chercheurs académiques dont le projet a été validé disposent d’un accès individuel sécurisé aux données pour réaliser l’analyse.

  • Chirurgie à distance : un robot doué du sens du toucher

    Le sens du toucher, c’est la fonctionnalité innovante de HeroSurg, nouveau robot chirurgical présenté le 28 septembre 2016 au congrès de simulation australasien à Melbourne.

    Créé par une équipe de l’université de Deakin en Australie et d’Harvard aux États-Unis, ce nouveau robot chirurgical permettrait aux chirurgiens de ne plus compter uniquement sur leur vue durant une micromanipulation chirurgicale.

    En pratique, il utilise le retour haptique pour fournir un sens du toucher à l’opérateur, aussi bien que les images 3D afin que le chirurgien puisse voir où sont placés ses instruments.

    Un outil qui permet au chirurgien de différencier les tissus

    Les instruments développés peuvent mesurer l’exacte puissance de la force maniée par les instruments médicaux sur le corps et transmettent cela au chirurgien à travers ses poignées.

    « Si le chirurgien saisit quelque chose en utilisant les instruments, ou s’il est en train de découper le tissu, il peut sentir la quantité de la force qu’il applique au tissu »n explique Mohsen Moradi Dalvand, chef du projet.

    « Le retour tactile permet au chirurgien de différencier les tissus et de ressentir les tissus affaiblis par l’infection ou l’inflammation et de les disséquer avec plus de précaution. », complète Suren Krishnan, professeur à l’hôpital Royal Adelaide.

    Actuellement, les équipes travaillent avec des chirurgiens en Australie pour recueillir leur retour d’expérience afin de perfectionner leur système. Sont à suivre les essais cliniques.

  • Imagerie médicale : 3 nouveaux équipements Philips et Siemens pour l’hôpital d’Antony

    Trois acquisitions permettant de faciliter l’examen des patients polytraumatisés, de réaliser des scanners ultra rapides en diminuant la quantité de rayons X et la dose de produits de contraste injectés, une IRM s’adaptant à toutes les morphologies, moins oppressante et plus silencieuse pour les patients, ont été dévoilées le 6 octobre 2016 par le Centre d’Imagerie médicale de l’hôpital privé d’Antony (Hauts de Seine).

    Ces trois acquisitions sont:
    – L’iQon Spectral CT de Philips, premier scanner spectral qui optimise la dose de rayons X et d’iode pour chaque examen d’imagerie.
    – Le scanner Somatom Drive (Siemens)
    – La nouvelle table robotisée de radiologie Multitom Rax (Siemens).

    Le nouveau scanner iQon : détection des anomalies 100% spectrale et diminution de la dose d’irradiation

    Sa technologie est inédite: à l’aide de détecteurs innovants, l’appareil mesure les rayons ayant traversé les tissus, dans le jardon scientifique on parle d’ »acquisition spectrale » et ce, à différents niveaux. Les images obtenues s’avèrent plus fines, les contrastes plus marqués. Le temps d’examen est diminué, ainsi que la quantité de produits de contraste indispensable, ce qui limite la toxicité rénale. Même les patients porteurs de prothèses métalliques bénéficient, grâce à un logiciel spécifique, de résultats plus fiables. Diagnostic précoce des cancers et calculs rénaux sont optimisés.

     » Philips iQon Spectral CT possède la dernière génération de reconstructions itératives (IMR) qui permet de diminuer le bruit dans l’image, d’augmenter la résolution en contraste et de diminuer la dose d’irradiation nécessaire à l’obtention d’une image de bonne qualité pour tous les patients », a indiqué Sébastien Durand, cadre modalité scanner au CIM-HPA.

    Somatom Drive: exploration du cœur et des vaisseaux sanguins

    Équipé de deux tubes à rayons X placés à 95 degrés, le scanner Somatom Drive de Siemens permet de réaliser des acquisitions ultra-rapides. Ceci est extrêmement bénéfiques pour les patients présentant de sérieux problèmes respiratoires, ne possédant pas la possibilité de rester en apnée. Explorer le cœur et ses vaisseaux sanguins, même dans le cas où le rythme des battements cardiaques s’avère anarchique, devient possible avec ce nouvel appareil.

    Multitom Rax: la nouvelle table robotisée de radiologie

    En se déplaçant autour du patient à explorer, la nouvelle table robotisée de radiologie Multitom Rax de Siemens facilite l’examen des personnes traumatisées ou impotentes, en leur évitant de bouger. Un autre avantage réside dans le fait de pouvoir prendre des clichés de toute la colonne vertébrale en position debout.

  • Imagerie médicale : nouvelles fonctionnalités de solution de dosimétrie patient RDM (Medsquare)

    Réduire la dose patient en imagerie médicale grâce aux nouvelles fonctionnalités de la solution Radiation Dose Monitor, c’est l’innovation présentée par Medsquare dans un communiqué publié le 7 octobre 2016.

    RDM est un logiciel de dosimétrie patient (DACS : Dose Archiving and Communication System) permettant de rassembler tous les acteurs de radioprotection : radiologues, manipulateurs, ingénieurs biomédicaux, radiophysiciens, et de les impliquer dans le processus de réduction de la dose, ainsi que dans son suivi.

    Cette nouvelle solution est conforme aux exigences de la directive européenne Euratom 2013/59 prenant effet le 6 février 2018.

    A l’occasion des JFR 2016, Medsquare a présenté de nouvelles fonctionnalités de RDM :

    • Dose à la peau : calcul du Peak Skin Dose (PSD) avec une présentation graphique en 2D ou 3D
    • Nouvelles statistiques avancées : module permettant d’effectuer des comparaisons dosimétriques croisées
    • Profondeur des règles d’alertes : mise en application de règles spécifiques au niveau du patient et/ou de son examen
    • Distribution des alertes : représentation des alertes sur la semaine

    « La solution RDM a été retenue pour la deuxième fois consécutive par la centrale d’achats du Resah. Après un premier marché attribué à Medsquare pour la période 2014-2016 (Resah-IDF), ce nouveau référencement donnera la possibilité à l’ensemble des hôpitaux membres du Resah, répartis sur tout le territoire national (et non plus limité à la région IDF), d’acquérir la solution RDM pour leur établissement », indique Dominique Gabriel, président de Medsquare.

    D’ici à la fin de 2016, la société aura équipé de nouveaux CHU, groupements hospitaliers et sites privés en France dont les suivants :

    • Centres Hospitaliers Universitaires de Nice, Grenoble, Nantes, Reims, Tours
    • Centres Hospitaliers d’Annecy, de Gonesse, de Carcassonne, de Marne-la-Vallée
    • Sites privés de l’Imagerie Médicale de la Plaine de France (IMPF), la Clinique internationale du Parc Monceau
    • AP-HP : Necker, Robert-Debré, Cochin, Poincaré, Ambroise-Paré, Bichat, Beaujon, HEGP, Avicenne, Bicêtre, Pitié-Charles-Foix, Saint-Louis, Lariboisière.

  • Institut Locarn : conférence sur les biotechs et le numérique au service de la santé le 21/10/16

    Une conférence sur les biotechnologies et le numérique, au service de la santé se tiendra lors de la journée Jean-Paul Moisan qui aura lieu à l’institut de Locarn le 21 octobre 2016 à Locarn en Bretagne.

    Les thèmes abordés seront :
    Biomimétisme, séquençage haut débit, modélisation 3D, avancées en biologie marine, mutations en médecine et sciences de la vie, espoirs pour les malades.

    Programme :
    – 9h : Serge Braun, Directeur scientifique de l’AFM Téléthon, « Rôle des associations de malades dans la recherche et les filières industrielles »
    – 9h45 : Laurent Meijer, de Man Ros Therapeutics, « Man Ros Therapeutics, vers de nouveaux traitements de la mucoviscidose, de la polykystose rénale et de la maladie d’Alzheimer/trisomie 21 ».
    – 10h45 : Frank Zal, « Le biomimétisme, ou comment innover en regardant la nature ? » et Christophe Chesne de Biopredic international, « Biopredic et Eurosafe, réactifs et prestation de recherche industrielle, 2 PME en phase de reconfiguration ».
    – Après-midi : Patrick Johnson de Dassault Systèmes, » Le numérique, nouvelle révolution de la biologie mondiale ? » et Jean Chaoui, de l’IMASCAP,  » L’avenir de la chirurgie augmentée ».

  • Sandoz : concours international de jeunes entrepreneurs pour l’amélioration de l’accès aux soins

    Générer de nouvelles idées et trouver des solutions innovantes pour aider à résoudre les problèmes mondiaux les plus urgents en matière d’accès aux soins, c’est l’objectif du Sandoz HACk (Healthcare Access Challenge), un concours international annoncé le 6 octobre 2016 par Sandoz, une division du groupe Novartis dédiée aux produits pharmaceutiques génériques et biosimilaires. Selon l’OMS, en 2015, plus de 400 millions de personnes n’avaient pas accès aux services de soins.

    Sandoz HACk s’est associé à OpenIDEO, une communauté mondiale encourageant la coopération et l’innovation pour contribuer à résoudre les préoccupations en matière de santé dans le monde.

    Dans le cadre de ce lancement, Sandoz HACk incite les jeunes entrepreneurs à réfléchir à des idées s’appuyant sur les technologies mobiles de la santé (M-Health) afin d’aider à relever les grands défis locaux en termes d’accès aux soins.

    Le concours Sandoz HACk s’adresse aux personnes de 18 à 35 ans. 6 candidats seront retenus. Leurs idées seront développées en partenariat avec OpenIDEO avant d’être présentées au jury. Trois lauréats seront désignés et se verront attribuer une bourse de financement et un accompagnement par des professionnels pour les aider à concrétiser leurs idées.

    L’inscription et le règlement du concours sont disponibles sur le site internet de Sandoz : www.sandoz.com/makingaccesshappen

  • L’appli de santé Mon Coach Douleur labellisée par mHealth Quality

    L’analyse juridique et réglementaire, la conformité éthique, la sécurité du code, la valeur d’usage au travers de panel d’usagers potentiels, la pertinence des contenus médicaux et le respect de la vie privée sont les critères retenus par mHealth Quality qui annonce le 7 octobre 2016 avoir accordé son label à l’application Mon Coach Douleur de Takeda France qui a pour vocation d’aider les patients atteints de cancer.

    mHealth Quality est le 1er label européen en santé mobile et connectée lancé en 2015 par DMD Santé.

    Elaborée dans le cadre d’un Hackathon réunissant des médecins (oncologues, radiothérapeutes, spécialistes de la prise en charge de la douleur, généralistes) de l’AFSOS, des infirmières de l’AFIC et des patients de l’AFVD, l’application Mon Coach Douleur accompagne le patient cancéreux dans la gestion de sa douleur et permet au professionnel de santé de réaliser un suivi de ses douleurs.

    L’application permet au patient de décrire sa douleur : sa localisation, son intensité, sa durée, le type de douleur ainsi que son retentissement et offre la possibilité de suivre la prise des traitements prescrits ainsi que les répercussions de la douleur sur les activités quotidiennes.

  • L’e-santé en perspective

    L’hôpital européen Georges Pompidou organise le 20 octobre 2016 une journée sur le thème « L’e-santé en perspective ».

    Programme

    Session 1 – Présidents : Pr. Philippe Cinquin (Association française d’informatique médicale, Université de Grenoble) Pr. Marius Fieschi (Université Aix Marseille)

    • 9h45-10h25 – Dr. Jean-Pierre Thierry (J-P Thierry Consulting) Trop soigner rend malade, l’eSanté en perspective
    • 10h25-10h45 – Pr. Philippe Cinquin (Université de Grenoble) Les robots symbiotiques
    • 10h45-11h05 – Pr. Pascal Staccini (Université de Nice) Les jeux sérieux et la eSanté
    • 11h20-11h40 – Dr. Marie-Christine Jaulent (Unité INSERM 1142) L’ingénierie des connaissances et la eSanté
    • 11h40-12h00 – Pr. Alain Venot (Université Paris 13) L’élaboration d’un projet de recherche en eSanté
    • 12h00-12h20 – Pr. Marius Fieschi – Dr Jean-Yves Robin (OpenHealth Institute, Paris) La eSanté : quelles nouvelles perspectives pour la sécurité sanitaire ?

    Session 2 – Présidents : Pr. Gérard Friedlander (Doyen de la Faculté de Médecine Paris Descartes) Anne Costa (Directrice des Hôpitaux Universitaires Paris Ouest)

    • 14h00-14h40 – Pr. Charles Safran (Harvard Medical School, Boston) Biomedical informatics as a medical specialty (Keynote)
    • 14h40-15h00 – Louis Omnès (Ancien Directeur de l’HEGP) L’hôpital numérique et la eGouvernance
    • 15h00-15h20 – Dr. Rodolphe Meyer (Hôpital Cantonal Universitaire de Genève) Le pilotage médicalisé et la eSanté
    • 15h20-15h40 – Pr. Joël Ménard (Université Paris Descartes)Le patient (est-il) au coeur des projets de eSanté ?

    Session 3 – Présidents : Pr. Eric Thervet (Président de la CMEL) Pr. Anita Burgun (HEGP)

    • 16h00-16h40 – Pr. Ulrich Prokosch (Erlangen University Hospital) Clinical information systems and translational research (Keynote)
    • 16h40-17h00 – Dr. Pierre Durieux, Dr. Brigitte Sabatier (HEGP) La eSanté au coeur de l’amélioration des pratiques – L’exemple du circuit du médicament
    • 17h00-17h20 – Pr. Anita Burgun (HEGP) L’informatique au service de la médecine personnalisée
    • 17h20-17h50 – Pr. Patrice Degoulet (Université Paris Descartes) Les cercles vertueux de l’eSanté : une utopie nécessaire mais insuffisante
    • 18h00-18h15 – Conclusion – Pr. Jean-Yves Fagon (Délégué Ministériel à l’Innovation en Santé)

  • Détection du cancer du sein : une nouvelle technique de vision 3D utilisée en Belgique

    Un mammographe numérique équipé de la tomosynthèse, permettant une vision du sein en 3D, c’est ce dont s’est dotée la Polyclinique du Parc de Maubeuge en Belgique depuis la mi-septembre 2016.

    « La tomosynthèse est une technologie qui permet d’acquérir des images du sein compressé de la femme sous différents angles », explique le radiologue de l’établissement, le Dr de Batselier. L’équipement coûte environ 300 000€.

    « A partir de la prise de vue en3D, le logiciel recrée une image en 2D qui est transmise sur nos écrans haute résolution. La visualisation des couches de tissus qui composent le sein est donc plus précise, permettant un diagnostic plus sûr et un gain de temps pour le déclenchement du traitement », souligne le Dr de Batselier.

    Cette nouvelle pratique est très encadrée par l’Autorité de sûreté de nucléaire de Belgique mais elle n’est pas encore validée par les autorités françaises dans le cadre des campagnes de dépistage du cancer du sein.