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Le centre Léon Bérard s’est impliqué très tôt dans le numérique, avec la mise en place d’un système d’information hospitalier (dossier patient) dès 1993, indique le Dr. Pierre-Étienne Heudel, médecin en sénologie–gynécologie-cancérologie médicale au sein du CLCC et vice-président de la commission médicale d’établissement (CME). Le site a de fait actuellement 25 ans d’historique sur le cancer, avec une base de 300 000 dossiers patients, de 400 000 scanners et de millions de tumeurs. Ainsi, par exemple, le site dispose de 50 000 mammographies et d’une grande variété de données d’anapath (lames virtuelles).

Se pose alors pour l’établissement de santé la question de la valorisation de ces données, sachant que le dossier médical est constitué de données hétérogènes et de qualité variable, explique le médecin, porteur de la coordination des projets de recherche sur l’usage de l’intelligence artificielle (IA) en santé et responsable de la sécurisation de la prise en charge médicamenteuse ainsi du centre de coordination de cancérologie. Le PMSI existant depuis 2007 a permis d’améliorer la qualité de ces données structurées.

Actuellement, les données les plus exploitables et les plus utilisées sont celles issues de l’imagerie et les données moléculaires. Le travail d’analyse effectué sur ces dernières dans le cadre de l’essai clinique PROFILER* se fait sur des panels de gènes (environ 70), rarement sur le génome total, précise le Dr. Pierre-Étienne Heudel. Cette analyse permet en oncologie la mise en place de thérapies ciblées.

Conscient de l’importance des volumes de données et des approches collaboratives pour y arriver, le centre Léon Bérard est membre actif du projet Consore (moteur de recherche pour le big data en cancérologie) et s’est emparé de la question de l’information des patients sur la réutilisation des données de santé à des fins de recherche.

Dans un entretien accordé à Health & Tech Intelligence, le Dr. Pierre-Étienne Heudel revient en détail sur Consore mais aussi sur les différents projets de l’établissement portés par les données et l’IA, soit Di-a-gnose, visant à établir de nouveaux outils diagnostiques issus de l’IA, et Deepsarc, lauréat de l’appel à projets du Health data hub, qui repose sur le partage de la base Netsarc, composée des données médicales et administratives anonymisées de plus de 50 000 patients atteints de sarcomes.

Les données : une richesse de l’établissement

Consore : un moteur de recherche capable de retrouver des informations disséminées dans le texte de centaines de milliers de dossiers de patients

Le centre Leon Berard s’est rapidement impliqué dans le projet Consore porté par Unicancer, avec en particulier l’Institut Curie et l’Institut Paoli-Calmettes.

En effet, face au défi du big data en cancérologie, Unicancer a construit Consore, un moteur de recherche puissant capable de retrouver des informations disséminées dans le texte de centaines de milliers de dossiers des patients des centres de lutte contre le cancer (CLCC).

Les sources de données présentes dans le moteur de recherche sont diverses (dossiers patients, PMSI, fiches de description standardisées de tumeurs, dossier pharmaceutique des chimiothérapies, biologie). Au-delà des données, les centres partagent des ressources (informaticiens, médecins …) pour travailler sur différents aspects comme l’analyse de texte par rapport au contexte, ou la restructuration des données.

Un des objectifs est la modélisation de l’histoire du cancer, son traitement, les éléments tumoraux : d’où l’extraction de la donnée et sa structuration. Ainsi, des travaux sont menés sur le cancer du sein, utilisant les IRM mammaires, les listes de patientes, et les données des dossiers.

Actuellement, Consore est installé dans 8 CLCC.

Les projets portés par les données et l’IA

La culture scientifique du centre Léon Bérard est « très forte » et sa dynamique de recherche se traduit en particulier par l’importance de sa présence au congrès de l’American Society of Clinical Oncology (ASCO), indique le Dr Pierre-Étienne Heudel. Une vingtaine de médecins chercheurs du Centre Léon Bérard étaient présents lors de la 55e édition du congrès mondial pour présenter les résultats de leurs recherches cliniques et translationnelles. La richesse des données du site permet par exemple de montrer les plus grosses cohortes cancer métastatique.

Différents projets portés par le site repose sur l’IA :

• Di-a-gnose, porté conjointement par les équipes du Centre Léon Bérard et Owkin, est un projet de recherche faisant intervenir l’intelligence artificielle et visant à établir de nouveaux outils diagnostiques issus de l’IA :
  • pour améliorer l’exactitude des diagnostics dans les histologies rares et complexes des cancers pour remplacer, améliorer et compléter les outils histologiques, moléculaires et immunologiques existants ;
  • pour prédire la réponse au traitement dans 2 modèles de cancers rares pour lesquels le Centre Leon Berard a une grande expertise : les mésothéliomes et les sarcomes.

Le projet porte plus particulièrement sur l’étude des mésothéliomes en utilisant des méthodes de deep learning (apprentissage profond) sur des données de lames virtuelles. À ce jour, plus de 35 500 lames et 5 920 dossiers anonymisés comportant les données d’imagerie, de biologie moléculaire et de traitements ont été scannés et traités.

• Le projet Deepsarc, lauréat de l’appel à projets du Health data hub, repose sur le partage de la base NetSarc, composée des données médicales et administratives anonymisées de plus de 50 000 patients atteints de sarcomes.
  Porté par Jean Yves Blay, à l’origine du réseau Netsarc et directeur du centre Léon Bérard, le projet associe aussi les équipes et les experts de l’Institut Bergonié, CLCC de Bordeaux et de l’université de Rennes. Il permettra de mesurer l’impact des différents traitements (chimiothérapies, thérapies ciblées, chirurgie…) sur les données de vie réelle des patients.

Données et IA : les défis et les enjeux pour le centre Léon Bérard :

Enjeu humain :

Plusieurs challenges sont à adresser :

• embarquer l’ensemble des professionnels de santé : l’implication du site dans la constitution de bases de données de qualité repose sur la volonté des professionnels à participer à la structuration des données, action qui doit s’inscrire dans les pratiques.
  Pour y arriver, il faut :
  • une volonté de la direction de l’établissement, avec des actions de sensibilisation et le partage de l’importance de la démarche majeure pour l’évolution du site ;
  • un accompagnement des personnes.

Au sein des professionnels de santé, on retrouve les proportions habituelles face aux innovations, avec 20 % de porteurs et 20 % de récalcitrants. Le Dr Pierre-Étienne Heudel, en tant que vice-président de la commission médicale d’établissement (CME) et porteur de la coordination des projets de recherche sur l’usage de l’intelligence artificielle en santé, porte les messages au sein de la communauté médicale.

Par exemple : connaître le statut tabagique du patient est fondamental pour la recherche comme pour la pratique. Les discussions ont été assez simples dans la communauté médicale.

Concernant les comptes rendus et les demandes d’examens, leur structuration doit être utile pour tout le circuit de prise en charge, et pouvoir répondre à des questions comme « Peut-on exploiter la demande ? » ; « Quelle est l’évolution ? » ; « Pour quel cancer ? » ; « Par rapport à quelle localisation ? ».

• Faire travailler ensemble mathématiciens et professionnels de santé : il faut « apprivoiser » les mathématiciens et trouver un langage commun.

Challenge : gestion des biais, reproductibilité des données

L’identification et la compréhension des biais passe par l’humain.

• Pour connaitre le biais, il faut connaitre les données des bases ;
• le machine learning (apprentissage automatique) est une éducation de l’algorithme par l’humain. Par exemple, sur une question comme « Comment différentier une récidive loco régionale d’une métastase ? », c’est l’humain qui qualifie la réponse.

La reproductibilité des résultats n’est pas encore assez robuste : par exemple, une analyse automatique de l’image, excellente sur un site, connait une dégradation quand on change de centre, explique le Dr Pierre-Étienne Heudel.

Une certitude reste : les médecins vont rester 100 % responsables des actes et décisions prises avec une IA.

« L’AP-HP poursuit sa reconfiguration pour que les décisions soient plus proches des équipes et des services. » C’est ce que déclare l’établissement dans un communiqué publié le 8 juillet 2019, annonçant avoir mis en place une nouvelle organisation fédérative le 3 juillet. L’objectif de ce projet est notamment de permettre aux 6 groupes hospitalo-universitaires (GHU) nouvellement créés « de renforcer leurs liens avec les universités, leurs territoires et leurs partenaires et ainsi de renforcer la qualité des soins et de la recherche pour tous les patients », est-il indiqué.

• 4 GHU sont le résultat de regroupements avec, pour chacun, une direction, une commission médicale d’établissement, un comité technique d’établissement et de nouvelles appellations, « marquant leur ancrage universitaire », commente l’AP-HP. « Ils disposeront de plus d’autonomie, pour mieux adapter les organisations de soins, de recherche et d’enseignement aux besoins de leur territoire », ajoute l’établissement. Ces 4 GHU sont :
– « AP-HP. Centre – université de Paris » ;
– « AP-HP. Sorbonne Université » ;
– « AP-HP. Nord – université de Paris » ;
– « AP-HP. Université Paris Saclay ».

• 2 GHU conservent pour l’instant leur périmètre actuel mais sont déjà associés à 2 des nouveaux GHU :
– « AP-HP. Hôpitaux universitaires Henri Mondor » (Henri-Mondor, Albert-Chenevier, Emile-Roux, Dupuytren, Georges-Clemenceau) est associé à « AP-HP. Université Paris Saclay ». Ce GHU est dirigé par Edith Benmansour ;
– « AP-HP. Hôpitaux universitaires » Paris Seine-Saint-Denis (Avicenne, Jean-Verdier, René-Muret) est associé à « AP-HP. Nord – université de Paris ». Ce GHU est dirigé par Pascal De Wilde.

Par ailleurs, les hôpitaux Marin de Hendaye, San Salvadour à Hyères, Paul-Doumer à Liancourt et l’hospitalisation à domicile « demeurent tels qu’ils sont aujourd’hui », note l’AP-HP.

Transformer les pôles en départements médico-universitaires

En juillet 2018, l’AP-HP se donnait un an pour constituer les nouveaux groupes hospitaliers dans l’optique de transformer les pôles en départements médico-universitaires (DMU) afin de « se doter des outils pour mieux soutenir les équipes et les projets », explique l’établissement.

« Les échéances ont été respectées et cette période a permis de consulter les instances locales et centrales qui devaient l’être ; d’organiser de nombreuses réunions de travail, séances d’information, au niveau des groupes hospitaliers ; de faire participer de nombreux acteurs à cette nouvelle organisation ; de modifier nos règles internes avec de nouvelles dispositions dans le règlement intérieur », ajoute-t-il.

Faire converger les stratégies hospitalière et universitaire

Les périmètres des DMU ont été définis par des arrêtés du 5 juillet 2019. « La définition [de ces] périmètres et de leur équipe de direction a fait l’objet d’un processus de plusieurs mois qui a veillé à associer au maximum l’ensemble des personnels concernés », note l’AP-HP.

L’objectif de la création des départements médico-universitaires est de proposer aux patients des parcours de prise en charge mieux coordonnés sur les territoires. Les départements regroupent plusieurs services et unités fonctionnelles dans une logique de filières de soins mais aussi dans une logique de coordination de la recherche, de l’innovation en santé et de l’enseignement.

Ils ont aussi pour but de redonner une place importante aux hôpitaux et aux services dans l’animation de proximité des équipes et les relations avec les patients, l’amélioration de la qualité de vie étant l’une des priorités de ce projet de création de DMU.

Les 4 nouveaux GHU en détail :

• « AP-HP. Centre – université de Paris » : rassemble les groupes hospitaliers Paris Centre (Cochin, Hôtel-Dieu, Broca, La Collégiale), Necker-Enfants malades et Paris Ouest (HEGP – Hôpital Européen Georges-Pompidou, Vaugirard – Gabriel-Pallez, Corentin-Celton).
  • Ce GHU est dirigé par Serge Morel ;
• « AP-HP. Sorbonne Université » : rassemble les groupes hospitaliers La Pitié-Salpêtrière-Charles-Foix et Hôpitaux Universitaires Est Parisien (Tenon, Trousseau, Rothschild, Saint-Antoine, La Roche Guyon).
  • Ce GHU est dirigé par Christine Welty ;
• « AP-HP. Nord – université de Paris » : est formé par les groupes hospitaliers Paris Nord Val de Seine (Bichat, Beaujon, Bretonneau, Louis-Mourier, Adélaïde-Hautval), Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal et Robert-Debré.
  • Ce GHU est dirigé par Vincent-Nicolas Delpech ;
• « AP-HP. Université Paris Saclay » : réunit les groupes hospitaliers Paris Sud (Bicêtre, Antoine-Béclère, Paul-Brousse) et Paris Ile-de-France Ouest (Raymond-Poincaré, Ambroise-Paré, Sainte-Périne, Berck).
  • Ce GHU est dirigé Christophe Kassel.

2 GHU associés à 2 des nouveaux groupes : l’AP-HP comprendra à terme 4 GHU

Les 2 groupes hospitalo-universitaires associés à deux des nouveaux GHU (« AP-HP. Hôpitaux universitaires Henri Mondor » avec « AP-HP. Université Paris Saclay » et « AP-HP. Hôpitaux universitaires » avec « AP-HP. Nord – université de Paris »).

« Le but est de poursuivre cette reconfiguration en intégrant ces deux (GHU) dans les nouveaux groupes hospitalo-universitaires, explique l’AP-HP. Les discussions avec les équipes et les universités se poursuivront pour franchir cette deuxième étape, sans que le calendrier précis n’ait été arrêté pour l’instant. Ainsi, l’AP-HP comprendra à terme quatre GHU. »

Un nouveau siège en 2021 pour faciliter les collaborations

Le nouveau siège de l’AP-HP sera établi au sein de l’hôpital Saint-Antoine. Le projet a été retenu le 26 juin 2019 par un jury présidé par le directeur général de l’AP-HP. Ce siège sera livré à la fin de l’année 2021 pour un déménagement prévu début 2022. « Sa conception sera plus moderne et facilitera le travail transversal et en équipe », commente l’AP-HP.

Les principes d’organisation du nouveau siège seront précisés dans les prochains mois. L’objectif est de « porter une vision stratégique et médicalisée mise au service des professionnels de l’ensemble de l’AP-HP et in fine de la qualité des soins et de la recherche pour tous les patients », indique l’établissement.

Fonds de transformation : 30 millions d’euros

Afin de soutenir les projets lancés par les soignants sur le terrain, le projet « Hôtel Dieu » permet de doter de 30 millions d’euros un fonds de transformation dédié à l’amélioration des conditions de travail des personnels et des conditions de prise en charge des patients dans la nouvelle AP-HP.

Ce fonds sera opérationnel avant la fin de l’année 2019.

La « nouvelle AP-HP »