L’Institut Imagine, premier pôle européen de recherche et de soins sur les maladies génétiques, a accueilli une conférence de presse le 15 décembre 2017. L’occasion pour le Pr Stanislas Lyonnet, son directeur, de faire un bilan en rappelant la stratégie et les succès de l’institut dépassant les frontières nationales. Trois chercheurs ont exposé les projets de leurs laboratoires respectifs : Isabelle André-Schmutz pour la lympho-hématopoïèse humaine, Antonio Rausell pour la bio-informatique clinique et Jean-Michel Rozet pour la génétique ophtalmologique. H&TI présente les grandes lignes de cette conférence.
Le directeur de l’institut a mis l’emphase sur l’importance d’une recherche transversale et complémentaire, et qui intègre les nouvelles technologies dont notamment l’analyse de données médicales massives. Il a rappelé le choix stratégique de la création, en 2016, du laboratoire de bio-informatique. Imagine a la volonté d’augmenter sa capacité non seulement à produire des données en grand nombre, mais surtout à les interpréter correctement en lien avec les données cliniques. L’objectif est de les utiliser pour l’élaboration de traitements innovants. C’est l’objet des plateformes technologiques de l’institut.
Enfin, Stanislas Lyonnet a souligné l’importance du soutien industriel de la recherche et le caractère primordial d’une recherche transversale qui fait le succès de l’institut grâce à la coopération avec l’hôpital Necker sur le campus duquel il se trouve.
Un centre de recherche phare qui incarne la recherche hospitalo-universitaire
Une recherche transversale et multipartite pour soigner les maladies génétiques
Le professeur Stanislas Lyonnet, directeur également du laboratoire de génétique et d’embryologie des malformations, souligne le caractère original du lieu qui allie consultations médicales et laboratoires de recherche pour mettre les patients au cœur de la recherche.
La recherche sur le maladies génétique de l’institut est au service notamment des enfants malades de l’Hôpital Necker avec lequel Imagine partage le campus. Les résultats des recherche de l’institut sont le fruit d’une collaboration de praticiens du milieu hospitalier et des chercheurs sensibilisés aux besoins cliniques.
Les industriels sont également des associés. Les locaux de l’institut Imagine accueillent le laboratoire Alexion et plus précisément son centre de recherche et de développement. Cela a commencé par un simple partenariat d’accueil de durée limitée lors de implantation du groupe américain en France. Alexion est une société internationale de biotechnologie qui développe et commercialise des traitements pour les maladies rares et ultra-rares pouvant mettre en jeu le pronostic vital. Ce partenariat a débouche sur une collaboration pérenne avec l’implication du groupe dans 3 projets :
- traitement de maladies ophtalmologiques ;
- traitement de maladies rénales ;
- implication dans un projet de RHU (recherche hospitalo-universitaire).
Alexion profite de :
- la proximité d’un savoir-faire scientifique non maîtrisé en interne ;
- des cohortes de patients génétiquement typées ;
- des outils de recherche clinique.
Prendre en compte l’innovation et exploiter les données de santé pour améliorer et élaborer des traitements innovants : la Data Science Platform
L’équipe de la Data Science Platform, avec Nicolas Garcelon à sa tête, œuvre à la création de logiciels permettant le stockage et l’analyse de données phénotypiques des patients et plus généralement de méthodes pour accélérer la recherche translationnelle entre médecins et chercheurs d’une part et l’hôpital et l’institut d’autre part.
C’est pourquoi l’équipe a créé un entrepôt de données nommé Dr Warehouse déployé sur l’Hôpital Necker – Enfants malades qui comprend :
- des données biomédicales sous forme de texte libre (comptes-rendus d’hospitalisation, de consultation, de prescription, etc.) et de données codées (résultats biologiques) ;
- 3,5 millions de documents provenant de 19 logiciels hospitaliers différents de 1996 à aujourd’hui pour 450 000 patients ;
- 36 millions de résultats biologiques.
L’interface de Dr Warehouse met ainsi à disposition des médecins des outils ergonomiques d’exploration des dossiers médicaux pour accélérer le recrutement des patients dans des études cliniques :
- eCohorte permet de rapidement mettre en place une base de données contenant tous les outils nécessaires à la saisie et la fouille des données ;
- BioPancarte pour la visualisation personnalisée des résultats de laboratoire ;
- Auxo pour la création mutualisée des courbes de croissance ;
- Gecko pour la gestion des études cliniques et des inclusions de patient ;
- Gene2CT pour la veille automatique des essais cliniques associés à des mutations génétiques etc.
L’équipe développera un entrepôt de données Dr Imagine regroupant les bases de données de l’Institut en collaboration avec le laboratoire d’Antonio Rausell.
Le projet Dr Warehouse avait par ailleurs participé au concours en innovation dans le cadre de la réunion interrégionale de la campagne Faire avancer la santé numérique (FASN) à Paris le 14 décembre 2017.
« L’ordinateur est la paillasse du chercheur d’aujourd’hui » (S.L.)
La création du laboratoire bio-informatique clinique est un enjeux stratégique piloté par le docteur Antonio Rausell.
Les objectifs du laboratoires consistent à développer des outils bio-informatiques au service de la recherche sur les maladies génétiques :
- développement de méthodes informatiques pour évaluer les variants génétiques dans les études de séquençage, avec un intérêt principal pour les maladies immunitaires rares ;
- analyse intégrée des données à haute dimension à partir de technologies multi-omiques visant à identifier des variants génétiques fonctionnels ;
- étude de l’hétérogénéité cellulaire à l’intérieur du système immunitaire grâce à l’analyse du transcriptome monocellulaire et de sa relation avec l’apparition et la progression de la maladie.
L’un des projets menés récemment et dont les résultats ont été dévoilés fin octobre 2017 avait pour objectif de caractériser l’hétérogénéité naturelle de la réaction immunitaire face à une maladie infectieuse, le VIH. Toutes les cellules d’un même individu ne présentent pas la même vulnérabilité aux pathogènes et aux virus intracellulaires, alors qu’elles partagent presque toutes le même ADN.
L’étude a permis de mettre en évidence d’une incroyable variabilité :
- interindividuelle (d’un individu à l’autre) ;
- intra-individuelle (au sein des cellules d’un même individu), car seule une fraction des lymphocytes T est efficacement infectée par le virus.
L’analyse computationnelle des profils d’expression de gènes de cellules individuelles a abouti à l’identification des marqueurs spécifiques dont le niveau d’expression est lié à la permissivité cellulaire à l’infection par le VIH. Si ces résultats ne débouchent pas sur une thérapie directement, ils permettent de savoir que certaines cellules d’un organisme sont plus vulnérables que d’autres et qu’en cas de maladie génétique, notamment, c’est vers elles que la thérapie ciblée doit être dirigée.
Un institut soutenu par des partenaires industriels
Mécénat et vente de charité Heroes
Henner, société de gestion et de courtage d’assurances de personnes, la fondation Bettencourt Schueller, la Fondation EDF, Salesforce et autres sociétés, comme Havas, ont soutenu l’institut soit en nature, soit en compétences ou en produits et services.
La vente caritative d’œuvres d’art portant le nom de Heroes, dont la 3e édition sera organisée par l’institut le 12 février 2018, a permis en 2016 de récolter des fonds à hauteur de 4,5 millions d’euros pour soutenir et faire accélérer la recherche et les soins innovants.
Les partenaires du laboratoire de lympho-hématopoïèse humaine : soutien technique, financier et en matériel biologique
Le laboratoire de lympho-hématopoïèse humaine s’appuie sur une dizaine de partenaires industriels nationaux et internationaux qui l’assistent dans l’optimisation de ses recherches. Ces partenariats étant difficiles à mettre en place, Isabelle André-Schmutz, sa co-directrice, a souligné la contribution de certains partenaires qui secondent la recherche en permettant de résoudre de nombreux freins et de répondre aux besoins spécifiques du laboratoire de nature technique ou financière :
- la société française CTRS, fabricant de préparations pharmaceutiques ;
- Biomarine ClearBlue Chemical (BBB) d’outre-Atlantique;
- Biomedomics pour son hémoglobine S ;
- Miltenyi Biotec d’outre-Rhin qui est fournisseur mondial de produits de recherche biomédicale et de thérapie cellulaire pour l’isolation cellulaire, la cytométrie de flux, la préparation d’échantillons, la culture cellulaire, l’analyse moléculaire, les essais cliniques, etc.