- 🚨Selon l’OMS, une nouvelle maladie infectieuse apparaît chaque année dans le monde.
- 📆En moyenne, une crise majeure liée à un virus survient tous les cinq ans (OMS).
- 💰70 à 440 M€ : surcoût annuel estimé pour le système de santé français en lien avec l’antibiorésistance (scénarios européens comparés).
- 📉 109,3 M€ : coût global de l’antibiorésistance en France.
- 🏥L’antibiorésistance prolonge les durées d’hospitalisation, augmente les complications et les risques de décès même pour des infections bénignes. 70 ans de progrès médicaux menacés
- 👨🔬La France mobilise les compétences du CEA, CNRS, Inserm et Institut Pasteur pour développer des outils de détection rapides (tests antigéniques, sérologiques, spectrométriques).
- 💶44 M€ investis dans quatre plateformes de réponse aux maladies infectieuses émergentes dans le cadre de France 2030 (EMERGEN 2.0, OPEN-ReMIE, I-REIVAC Emergence, OBEPINE+).
⚠️Une nouvelle menace émerge chaque année selon l’OMS
Covid-19, VIH, tuberculose, les maladies infectieuses résultent de la pénétration dans l’organisme d’agents pathogènes : bactéries, virus, parasites, champignons ou prions. Certaines sont bénignes, d’autres peuvent provoquent des pandémies. Chaque année, une nouvelle maladie infectieuse apparaît dans le monde selon l’OMS, et l’humanité subit tous les cinq ans une crise majeure liée à un virus émergent ou réémergent. Alors que les échanges mondiaux et le changement climatique modifient leur dynamique, la recherche s’organise pour mieux comprendre, anticiper et contenir ces infections. Si la recherche a permis l’éradication de certaines d’entre elles grâce à la mise au point de vaccins spécifiques et d’antibiotiques, il reste encore beaucoup de chemin à parcourir pour que toutes ces pathologies soient traitées et pour développer des moyens de lutter contre l’ensemble des pathogènes émergents. Certaines infections restent aujourd’hui sans traitement curatif ni vaccin.
En cinq ans, 270 projets de recherche portant sur les maladies infectieuses ont été soutenus par la Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). Pour l’année 2024, un budget de 6,2 millions d’euros est spécifiquement alloué à ce domaine, selon la Fondation pour la Recherche Médicale (FRM).
🚨Les infections deviennent la 3ᵉ cause de mortalité en France
En 2022, les maladies de l’appareil respiratoire — hors Covid-19 — ont connu une progression, représentant 6,7 % de l’ensemble des décès. Elles se positionnent comme la troisième cause de mortalité dans le pays, selon les données de Santé publique France. Cette hausse s’explique en partie par la coïncidence de deux épidémies de grippe saisonnière, survenues à l’hiver 2021–2022 et à l’hiver 2022–2023, ainsi que par la circulation active d’autres virus respiratoires, notamment le virus respiratoire syncytial (VRS). Les décès touchent principalement les personnes âgées : la moitié des victimes avaient 86 ans ou plus. Par contraste, et grâce à une large couverture vaccinale, les décès dus au Covid-19 ont diminué de près d’un tiers par rapport à 2021, rétrogradant à la cinquième cause de mortalité.
👨🔬Grippe : 25 à 50 % des consultations concernent les moins de 15 ans chaque saison
En France, la grippe survient chaque année entre novembre et avril, avec un démarrage épidémique le plus souvent observé entre fin décembre et début janvier. D’une durée moyenne de 10 à 11 semaines, elle génère chaque saison entre 788 000 et 4,6 millions de consultations pour syndrome grippal, selon les données du réseau Sentinelles recueillies depuis 1984. Les enfants de moins de 15 ans représentent entre 25 % et 50 % de ces consultations, et jouent un rôle dans la transmission du virus en milieu scolaire et familial. La grippe, en constante évolution génétique, nécessite une surveillance annuelle et une adaptation régulière des vaccins en raison des mutations (glissement) ou de l’apparition de nouvelles souches (cassure) peu connues du système immunitaire.
Une saison 2024-2025 marquée par une intensité inédite (Santé Publique France)
Les moins de 15 ans très concernés, et la vaccination en baisse
L’épidémie de grippe 2024-2025 a entraîné 17 600 décès en France, selon les données dévoilées le 7 octobre par Santé publique France. L’autorité sanitaire décrit une saison d’une ampleur et d’une sévérité importante, avec près de trois millions de consultations pour syndrome grippal en ville et 30 000 hospitalisations. Cette surmortalité dépasse la moyenne annuelle estimée à 10 000 décès. L’intensification de l’épidémie a été particulièrement marquée en janvier 2025 : lors de la deuxième semaine du mois, 611 des 8 368 décès enregistrés en France ont été attribués à la grippe, soit 7,3 %, un niveau jamais atteint depuis la mise en place du système de surveillance.
L’hiver 2024-2025 s’est également caractérisé par une baisse de la couverture vaccinale, en particulier chez les personnes âgées. Fin novembre 2024, elle était estimée à 35,2 % dans la population générale, contre 38 % un an plus tôt. Chez les plus de 65 ans, elle s’élevait à 41 %, contre 42,8 % en 2023.
💊Près de 700 prescriptions d’antibiotiques pour 1 000 habitants en 2021 malgré une tendance à la baisse
Selon des données publiées par Santé publique France, la France a enregistré environ 700 prescriptions d’antibiotiques pour 1 000 habitants en 2021 (hors hospitalisation). Si cette consommation reste en baisse sur dix ans, elle positionne toujours le pays au 4ᵉ rang européen, derrière la Grèce, la Roumanie et la Bulgarie. Environ 80 % des prescriptions ont été réalisées en soins de ville, avec un pic observé en fin d’année, en lien avec le retour des infections hivernales courantes. L’évolution la plus notable concerne les enfants de 0 à 4 ans : leurs prescriptions d’antibiotiques ont augmenté jusqu’à retrouver un niveau équivalent à celui de 2019, avant la pandémie. À l’inverse, la tendance reste à la baisse chez les personnes âgées de 80 ans et plus, en ville comme en Ehpad.
Méconnaissance du grand public
L’agence de santé publique pointe également la persistance de fausses croyances : 77 % des Français pensent à tort que les antibiotiques sont efficaces contre la bronchite aiguë, 65 % en cas de bronchiolite, 55 % pour l’angine virale, et 53 % pour la grippe. Par ailleurs, plus de la moitié des sondés considèrent qu’un mal de gorge ou le besoin de reprendre le travail justifient la prise d’antibiotiques, malgré le fait que plus de 80 % des angines sont d’origine virale. Sur le sujet de l’antibiorésistance, un sondage IFOP révélait qu’un Français sur deux ne connaissait pas ou mal la notion d’antibiorésistance.
⚙️Vers une meilleure résilience de la chaîne d’approvisionnement
Deux risques planent sur l’usage des antibiotiques ; l’antibiorésistance et les ruptures d’approvisionnement.
À l’automne 2024, un rappel de flacons d’amoxicilline, destinés aux enfants et nourrissons, avait relancé les craintes d’une pénurie en pleine préparation hivernale. Si le nombre de flacons concernés était resté limité, ce retrait avait suffi à raviver les tensions dans la filière pharmaceutique. L’amoxicilline, largement utilisée pour traiter les infections courantes, avait déjà manqué durant l’hiver 2023. Médecins, pharmaciens et patients avaient encore en mémoire les semaines de pénurie qui avaient marqué l’année précédente. Malgré les ajustements logistiques et les efforts de distribution, le moindre défaut d’approvisionnement faisait redouter un retour à une situation de forte tension.
La pandémie de Covid-19 a mis en lumière les vulnérabilités des chaînes d’approvisionnement en médicaments, y compris pour les antibiotiques. Plusieurs facteurs concourent à leur indisponibilité : complexité industrielle, arrêt de production, retrait d’autorisations de mise sur le marché ou désintérêt économique pour des molécules anciennes mais indispensables.
Le Programme d’Appui à la Réforme Structurelle (PARS), devenu Instrument d’appui technique (Technical Support Instrument – TSI), reflète l’engagement de la France dans la lutte contre les pénuries d’antibiotiques. Cofinancé par l’Union européenne, ce projet s’inscrit dans une approche “Une seule santé” (One Health), intégrant les dimensions humaines, animale et environnementale. L’objectif est d’identifier et de mettre en œuvre des mesures pilotes pour résoudre les difficultés d’accès à certains antibiotiques dont le brevet est tombé dans le domaine public. Ces produits, essentiels en médecine humaine comme vétérinaire, sont de plus en plus concernés par des ruptures d’approvisionnement.
L’indisponibilité de certains antibiotiques conduit à l’usage de traitements de deuxième intention, potentiellement moins efficaces, plus toxiques, et à risque plus élevé de sélection de bactéries résistantes. Le projet français vise donc à élaborer des mesures pour sécuriser l’accès à ces médicaments tout en poursuivant les objectifs de réduction de la consommation globale d’antibiotiques, dans le cadre de la stratégie nationale de lutte contre l’antibiorésistance.
🚑 Antibiorésistance : 130 000 infections en France et 5 500 décès annuels recensés
Jusqu’à 238 000 décès liés à l’antibiorésistance d’ici 2050 selon l’OCDE
Car le second enjeu est bien celui-ci. L’antibiorésistance s’était affirmée comme une menace majeure pour la santé publique, en France comme dans le monde. En cause : un usage massif, souvent inapproprié, des antibiotiques en santé humaine et animale. Ces traitements perdaient en efficacité face à des bactéries devenues capables de leur résister. Selon une étude de 2019, plus de 130 000 infections dues à des bactéries résistantes avaient été recensées en France en 2016. L’ECDC estimait à 120 000 le nombre de cas annuels en France, avec plus de 5 500 décès associés. À l’échelle européenne, environ 35 000 décès par an étaient attribués à des infections résistantes, un impact comparable à celui de la grippe, du VIH et de la tuberculose réunis.
D’après l’OCDE, si aucune action n’était prise, l’antibiorésistance pourrait faire 2,4 millions de morts cumulés entre 2015 et 2050 en Europe, Amérique du Nord et Australie. En France, on projetait jusqu’à 238 000 décès d’ici 2050 (OMS).
💶Un impact économique supérieur à 1,5 milliard d’euros en Europe chaque année
Sur le plan économique, la surconsommation d’antibiotiques engendrait chaque année un surcoût estimé entre 70 et 440 millions d’euros pour le système de santé français, selon les scénarios de comparaison européens. Une étude évaluait à 109,3 millions d’euros le coût global de l’antibiorésistance pour la France en 2015. À l’échelle mondiale, les projections de la Banque mondiale (2016) faisaient état d’un possible effondrement du PIB mondial compris entre -1,1 % et -3,8 % par an d’ici 2050. Le coût total pour l’économie mondiale pourrait atteindre 100 000 milliards de dollars.
🏥 70 ans de progrès médicaux menacés
L’antibiorésistance menaçait directement les avancées médicales des 70 dernières années. Chirurgie, greffes, réanimation, néonatalogie, chimiothérapie : toutes ces pratiques reposaient sur une prophylaxie antibiotique efficace. À mesure que les traitements devenaient inopérants, le risque infectieux associé à chaque geste médical augmentait. Dans les faits, l’inefficacité croissante des antibiotiques allongeait la durée des maladies, multipliait les complications, forçait à multiplier les consultations et les traitements, et augmentait les risques de mortalité, même pour des infections auparavant bénignes.
🔍Une diversité d’agents pathogènes sous surveillance
La France dispose d’une expertise reconnue en microbiologie et en biotechnologie. Au CEA, au CNRS, à l’Institut Pasteur ou à l’Inserm, les équipes développent des outils de détection rapide des agents pathogènes : tests antigéniques, sérologiques ou spectrométriques. Le projet VIRUSCAN par exemple, conduit au CEA, explore des procédés de tri cellulaire permettant d’identifier plus efficacement les virus dans des échantillons biologiques. Ces innovations complètent la surveillance clinique assurée par le réseau des laboratoires hospitaliers et les plateformes de santé publique numérique, qui exploitent des données en temps réel pour détecter précocement les signaux d’alerte. En parallèle, la recherche française participe aux efforts internationaux de développement vaccinal. Le CEA a notamment contribué à la validation d’un vaccin vivant atténué à injection unique contre le virus chikungunya, aujourd’hui testé dans plusieurs pays.
Vers une stratégie intégrée de prévention
L’approche « Une seule santé » (One Health), promue par les institutions françaises et européennes, encourage une vision systémique reliant santé humaine, animale et environnementale.
Cette stratégie combine la recherche fondamentale, la veille numérique, la modélisation épidémiologique et la coopération internationale. Elle vise à mieux anticiper les crises infectieuses et à adapter les politiques de santé publique dans un contexte de changement global.
Une vigilance épidémiologique constante
La surveillance de la grippe en France repose sur un réseau coordonné d’acteurs : Santé publique France, le réseau Sentinelles, le Centre national de référence (CNR) des virus respiratoires et les données issues de la veille hospitalière. Ce dispositif permet d’identifier précocement les souches circulantes, d’ajuster la composition des vaccins saisonniers et d’alerter les structures de soins en cas de hausse des cas. En contexte de co-circulation virale (notamment avec la Covid-19 ou le VRS), cette vigilance est essentielle pour anticiper les tensions hospitalières hivernales et adapter les mesures et plans de prévention, notamment en direction des publics à risque.
📋L’exemple de la Bronchiolite : activation du plan ORSAN face à une épidémie nationale étendue
🏦44 M€ pour renforcer les capacités de réponse aux maladies infectieuses émergentes
Lancée dans le cadre de France 2030, la stratégie nationale Maladies infectieuses émergentes (MIE) – menaces NRBC (nucléaires, radiologiques, biologiques, chimiques) mobilise plusieurs ministères et organismes de recherche autour d’un objectif commun : renforcer la préparation systémique aux futures crises sanitaires. Dotée d’un budget dédié, elle articule recherche, innovation, industrialisation et formation dans une approche interdisciplinaire, inscrite dans le principe « One Health ».
Surveillance, essais, détection : quatre plateformes structurent la réponse française aux menaces infectieuses
Quatre plateformes bénéficient d’un financement total de 44 M€ pour consolider les capacités nationales de réponse :
- EMERGEN 2.0 (12 M€), coordonnée par Inserm/ANRS-MIE, SpF et Anses, étend le dispositif de surveillance génomique du SARS-CoV-2 à d’autres pathogènes émergents, en s’appuyant sur les réseaux hospitaliers et le réseau des CNR.
- OPEN-ReMIE (10 M€), porté par l’Inserm/ANRS-MIE et les Hospices Civils de Lyon, organise la recherche clinique interventionnelle, en lien avec les réseaux européens et internationaux.
- I-REIVAC Emergence (12 M€), porté par l’ANRS-MIE et l’AP-HP, renforce les capacités d’essais vaccinaux rapides dans un cadre académique ou industriel.
- OBEPINE+ (10 M€), porté par Sorbonne Université et 22 partenaires, développe une plateforme de détection épidémiologique via les eaux usées, intégrée au dispositif national de surveillance.
Deux PEPR pilotent les volets scientifiques de la stratégie MIE
La stratégie s’appuie sur deux Programmes et équipements prioritaires de recherche (PEPR) complémentaires :
- Le PEPR PREZODE (IRD, Cirad, Inrae), orienté vers la prévention primaire des zoonoses, développe des approches co-construites avec les acteurs de terrain. Il explore les liens entre activités humaines, changements globaux et émergence de pathogènes. Deux appels à projets sont en cours sur la surveillance (7 M€) et la réduction du risque (7 M€).
- Le PEPR MIE, piloté par l’Inserm via l’ANRS-MIE, cible la compréhension, la prévention et le contrôle des maladies émergentes. Un premier appel à projets (22 M€) a permis de soutenir 11 projets ; un second est en cours de sélection, un troisième est prévu en 2025. De futurs appels porteront sur le développement de modèles animaux et de plateformes antivirales.
Un dispositif d’innovation pour accélérer le transfert vers l’économie
Le consortium CATRIEM, coordonné par Inserm Transfert et la SATT Pulsalys, organise l’accompagnement de projets issus de la recherche publique. Depuis 2023, neuf projets ciblant des pathogènes prioritaires (dengue, grippe, Nipah, Zika, etc.) ont été financés, avec pour finalité la création de start-up, le transfert technologique et le développement de produits thérapeutiques ou préventifs. Un appel à manifestation d’intérêt lancé en 2024 cible également les projets ultramarins et ceux liés aux menaces NRBC.
Des formations interdisciplinaires pour renforcer les compétences sur les MIE
Face au déficit de spécialistes et au cloisonnement disciplinaire, deux Écoles universitaires de recherche (EUR) ont été mises en place dans le cadre de l’appel « Compétences et métiers d’avenir » :
- UNITEID (Université Toulouse III – Paul Sabatier), financée à hauteur de 5,5 M€, propose une offre pluridisciplinaire de formation sur les MIE, intégrant essais cliniques, bioinformatique, épidémiologie, santé animale et santé publique. Le démarrage des formations est prévu en 2025.
- EID@Lyon, pilotée par un consortium académique et industriel, met en place une formation diplômante, un cycle de formation continue pour décideurs publics (Institut One Health), et un centre de simulation opérationnel en 2025.
Prochaines étapes : élargissement, coordination, rayonnement
Trois ans après le lancement de la stratégie nationale Maladies infectieuses émergentes, la journée du 30 septembre 2024 à Montpellier a permis de faire le point sur plusieurs recommandations pour les années à venir :
- Élargir l’écosystème en intégrant de nouveaux acteurs et compétences, notamment issus du secteur privé.
- Développer des modèles économiques adaptés au marché spécifique des MIE et menaces NRBC.
- Améliorer la coordination des structures impliquées dans la réponse sanitaire.
- Accélérer l’intégration de la santé humaine et animale dans l’industrie, en cohérence avec une approche « One Health ».
- Renforcer la visibilité et le positionnement de la France au sein des initiatives européennes et internationales.
Les organisateurs ont confirmé la volonté de poursuivre l’effort collectif engagé, en misant sur la continuité des financements et l’agilité des dispositifs pour répondre aux menaces à venir.
🌍Une approche intégrée face au climat et aux risques infectieux émergents
D’ici 2030, la moitié de la population mondiale pourrait être exposée à la dengue, alerte l’OMS
Enfin, le changement climatique modifie les dynamiques d’émergence et de diffusion des maladies infectieuses. Selon le 6ᵉ rapport d’évaluation du GIEC (2022), plus de 58 % des maladies infectieuses recensées à l’échelle mondiale seraient déjà exacerbées par les impacts du changement climatique (par exemple via la prolifération des vecteurs, les déplacements de populations ou la dégradation des systèmes d’eau potable). L’augmentation des températures, la fréquence accrue des événements extrêmes (inondations, sécheresses), et la transformation des écosystèmes naturels favorisent la circulation de pathogènes dans des zones jusque-là peu exposées. Les maladies vectorielles et hydriques sont particulièrement concernées. L’OMS prévoit par exemple que d’ici 2030, la moitié de la population mondiale pourrait être exposée à la dengue.
Pour anticiper ces évolutions, des outils de modélisation spatiale sont mobilisés. Le programme Epiclim, un projet interdisciplinaire qui croise données climatiques, environnementales, sanitaires et démographiques pour établir des cartographies dynamiques des zones à risque. Ces cartes permettent d’identifier les conditions locales propices à l’émergence de foyers infectieux, par exemple là où coïncident précipitations intenses, densité humaine et pauvreté des infrastructures de santé.
L’épidémiologie intègre environnement et comportements pour modéliser les risques
L’épidémiologie s’adapte à ces nouvelles réalités. Elle intègre désormais des variables environnementales, mais aussi des facteurs socio-comportementaux — comme les usages de l’eau, les mobilités quotidiennes ou les pratiques agricoles — afin de produire des modèles prédictifs opérationnels. Ces modèles servent à la décision publique, en orientant par exemple les campagnes de vaccination ciblées, les politiques de lutte antivectorielle ou les actions de prévention dans les zones identifiées comme vulnérables.
Cette approche intégrée s’inscrit pleinement dans le paradigme « One Health », désormais structurant dans la réponse aux maladies infectieuses émergentes. Elle implique une collaboration étroite entre climatologues, épidémiologistes, écologues, urbanistes et autorités sanitaires.