Le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Hcéres) a publié cet été une synthèse tirant les enseignements des sept rapports d’évaluation des instituts hospitalo-universitaires (IHU) : ForeSight, Ican, Imagine, l’Institut du cerveau (ICM), Liryc, Méditerranée Infection et Strasbourg.
Cette évaluation, commandée en juin 2023 par les directions générales de la recherche, de l’innovation et de l’offre de soins, formule 19 recommandations pour l’avenir de ce dispositif du programme France 2030.
Le comité d’experts (présidé notamment par Macha Woronoff, Mathias Barton, Laure de la Bretèche et Didier Houssin) y pointe des crises de gouvernance « majeures » à l’IHU Méditerranée Infection et à Strasbourg, ainsi que des manquements graves à l’intégrité scientifique.
Pourquoi cela compte : les IHU publient très au-dessus de la moyenne mondiale, mais leurs 509 brevets déposés depuis 2011 n’ont généré aucune ressource significative. Les trois fragilités relevées par le Hcéres, absence de personnalité juridique dans trois instituts, conseils scientifiques peu opérants, aucun signalement formalisé des dérives, se retrouvent dans d’autres pôles de recherche adossés à des CHU : directeurs d’établissement et tutelles y trouvent trois points de contrôle pour leurs propres structures.
Le Hcéres détaille ces fragilités : trois instituts (ICM, Liryc, ForeSight) n’ont pas de personnalité morale et juridique, plusieurs conseils scientifiques ne jouent pas leur rôle et aucun mécanisme de signalement formalisé n’existe en cas de dérive. Plusieurs start-up hébergées par les IHU restent par ailleurs peu liées à leurs résultats de recherche.
Recherche solide mais valorisation et soins en retrait
Sur le plan scientifique, le bilan est positif : l’indice d’impact des publications des IHU dépasse la moyenne mondiale dans les sept instituts, avec des pointes à Ican (+80 points) et à Liryc (+40 points), portées par des stratégies de recherche focalisées sur peu de thématiques. La transformation en innovations concrètes reste en revanche très en retrait : les IHU ont déposé 509 brevets depuis 2011, mais aucun n’en tire de ressources significatives. Les retombées sur les soins demeurent, elles aussi, limitées et rarement évaluées sur le plan médico-économique, à l’exception de quelques initiatives saluées par le comité, comme le traitement non invasif du tremblement essentiel mis au point à l’ICM ou le programme de patients-experts déployé par ForeSight.
Un modèle économique toujours sous perfusion publique
À l’exception d’Imagine et de l’ICM, seuls instituts à avoir développé des recettes de mécénat significatives (un record de 207 M€ de dons et legs cumulés pour l’ICM, 56 M€ sur 2021-2023 pour Imagine), la dotation du programme d’investissements d’avenir reste la première ressource de la quasi-totalité des IHU. Les projections transmises pour atteindre l’équilibre financier d’ici 2030 sont jugées « excessivement optimistes » par le comité, qui invite les pouvoirs publics à conditionner toute prolongation de leur soutien à un suivi plus rigoureux.
Sur la base de ces constats, le Hcéres formule 19 recommandations (ci-dessous), de la clarification des statuts juridiques et des instances de gouvernance jusqu’à l’instauration d’une politique stricte de publication et au renforcement des conseils scientifiques internationaux (Scientific Advisory Boards).
Il appelle aussi les fondateurs des IHU, CHU et universités en tête, à assumer pleinement leur responsabilité de contrôle, notamment lorsque des dérives déontologiques se manifestent en leur sein.
Des crises de gouvernance inégalement surmontées
Si Imagine ou Liryc ont réussi des transitions de direction fluides, trois IHU ont connu des crises sérieuses. Ican a traversé une crise organisationnelle marquée par l’absence de management intermédiaire et des risques psychosociaux. À Strasbourg, une crise de gouvernance entre 2020 et 2022, cristallisée autour des relations avec l’Ircad, a donné lieu à une procédure judiciaire, à d’importants départs et au renvoi du précédent directeur général après qu’il eut saisi le parquet financier pour dénoncer de potentielles malversations. La publication du rapport d’évaluation de cet institut a d’ailleurs été suspendue en juin 2025, le temps qu’une enquête conjointe de l’IGAS et de l’IGESR se déroule. C’est toutefois à l’IHU Méditerranée Infection, à Marseille, que la situation a été la plus grave : le Hcéres y décrit une crise « majeure » survenue en 2021, née d’une très forte concentration du pouvoir entre les mains du seul directeur, au détriment des instances de gouvernance. L’institut conservait encore, à l’automne 2024, des personnalités « contestées et compromises » par les manquements de la précédente direction, et il a tardé à engager l’indispensable travail de rectification scientifique.
Une intégrité scientifique mise à mal
Ces défaillances ont eu des conséquences directes sur la recherche produite. Des expérimentations non conformes menées à l’IHU marseillais ont donné lieu à la publication de plusieurs articles scientifiques : selon la synthèse, ces manquements ont entraîné à ce jour au moins une trentaine de rétractations, chiffre que le Hcéres juge lui-même « en deçà de ce qui serait nécessaire », et l’ANSM a prononcé une injonction de suspension, pendant un an, de toutes les recherches de ce type au sein de l’institut. Les notes du rapport renvoient à plusieurs enquêtes de presse documentant des essais menés sous l’autorité du précédent directeur, Didier Raoult, jusqu’à son départ en 2021. Des manquements ont aussi été suspectés à Strasbourg, où une inspection de l’IGAS-IGESR a été récemment diligentée. Plus largement, le Hcéres alerte sur la place croissante des revues dites « prédatrices », hébergées notamment par MDPI et Frontiers Media : leur part dans les publications biomédicales françaises a été multipliée par cinq entre 2012 et 2022, et a atteint 25 % de la production de l’IHU Méditerranée Infection en 2022, un niveau jugé « non acceptable » par le comité.
Le Hcéres a construit un référentiel spécifique aux missions des IHU, centré sur le pilotage stratégique et les résultats obtenus depuis leur création. Chaque institut a remis un dossier d’auto-évaluation avant le 14 juin 2024, complété par une étude bibliométrique de l’Observatoire des sciences et techniques et par des données de ressources humaines collectées directement auprès des instituts, faute d’archives financières fiables auprès de l’Agence nationale de la recherche (ANR). Les données budgétaires transmises se sont révélées « pour la plupart déclaratives », parfois manquantes ou inexploitables, rendant toute comparaison financière délicate.
Les 5 principales recommandations : le Hcéres veut un comité de valorisation et une vraie place pour les patients
Clarifier les instances de gouvernance : Le Hcéres demande aux IHU de se doter de trois instances clairement séparées dans leurs rôles : un conseil d’administration, un conseil scientifique et un comité de direction. Il recommande aussi d’instituer systématiquement un comité de valorisation et de faire une place aux représentants des patients dans certaines instances, aujourd’hui quasi absents des conseils d’administration.
Se doter d’un dispositif de gestion de crise : Après les crises de Méditerranée Infection et de Strasbourg, le Hcéres appelle à définir une doctrine commune permettant à toute partie prenante de signaler une situation critique, et à inscrire dans les statuts un pouvoir d’évocation des fondateurs pour intervenir en cas de dérive. Il demande aussi que les commissaires du gouvernement, présents dans les conseils d’administration, jouent pleinement leur rôle de vigilance.
Encadrer la politique de publication : Face à la progression des revues « prédatrices » (MDPI, Frontiers Media), le Hcéres exige que les personnels des IHU publient uniquement dans des revues reconnues pour la rigueur de leur relecture par les pairs, et confie aux directions et aux conseils scientifiques la responsabilité de faire évoluer ces pratiques.
Recentrer le soutien aux start-up : Le Hcéres recommande de ne plus soutenir que les start-up qui s’appuient réellement sur les résultats de la recherche des IHU, ou qui bénéficient de financements d’amorçage liés à leurs écosystèmes d’innovation, en nouant des collaborations avec des sociétés d’investissement pour sécuriser ces phases critiques.
Conditionner l’aide publique à un suivi financier rigoureux : Constatant qu’aucun IHU ou presque ne peut se passer de financements publics, le Hcéres demande aux tutelles d’accompagner les instituts vers une moindre dépendance et d’assortir toute prolongation de leur dotation d’un suivi rapproché de leur trajectoire financière, avec des jalons précis.
Le Haut conseil recommande aussi de mutualiser plateaux techniques, formations et financements :
- Privilégier un statut juridique simple et lisible plutôt que de multiplier les montages, quitte à ne pas généraliser une seule forme pour tous les IHU.
- Rendre les fondateurs pleinement responsables de la surveillance déontologique de leur IHU et donner un rôle primordial et indépendant aux conseils scientifiques internationaux (SAB).
- Intensifier la recherche clinique des IHU et les aider à devenir promoteurs d’essais cliniques en propre, en mutualisant les compétences réglementaires nécessaires.
- Faire du succès aux appels à projets compétitifs et prestigieux (comme les bourses ERC) un objectif prioritaire, notamment pour les IHU les moins performants sur ce plan.
- Mutualiser les plateformes techniques entre sites et ouvrir davantage leur usage à l’extérieur pour limiter leur sous-utilisation actuelle.
- Maintenir une recherche suffisamment focalisée thématiquement, tout en autorisant les extensions de périmètre quand les forces scientifiques le justifient.*
- Développer des coopérations et une mise en réseau entre IHU en matière d’innovation, en concentrant les efforts sur un ou deux sujets à fort potentiel plutôt que de disperser les moyens.
- Développer des études médico-économiques pour objectiver l’impact réel des nouveaux parcours de soins portés par les IHU.
- Davantage associer les IHU à la construction des formations universitaires de master et de doctorat dans leurs domaines d’excellence.
- Évaluer plus sérieusement la soutenabilité financière des actions de formation, souvent menées sans réel bilan coûts-bénéfices.
- Sécuriser l’évolution professionnelle des personnels recrutés en CDD, via une gestion prévisionnelle des emplois et des compétences (GPEEC).
- Construire un cadre d’analyse financière commun à tous les IHU pour fiabiliser et harmoniser la remontée de leurs données budgétaires.
- Augmenter la part des financements privés dans le modèle économique des IHU pour réduire leur exposition aux contraintes budgétaires publiques.
- Faire des recettes de valorisation un axe stratégique à part entière, en maîtrisant mieux les dépenses qu’elles engendrent et en mutualisant les moyens entre fondateurs.
Source : Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Hcéres), Synthèse des évaluations des instituts hospitalo-universitaires (juillet 2026) · fiabilité : officielle.