Philippe Bouyoux est nommé président du Comité économique des produits de santé (CEPS) pour une durée de trois ans. Sa nomination est officialisée par un arrêté du 15 juin 2020 publié au Journal officiel (JO) du 17 juin : la présidence de cet organisme interministériel chargé de négocier les prix des médicaments et des dispositifs médicaux avec les entreprises était vacante depuis la nomination en juillet 2019 de Maurice-Pierre Planel, qui l’occupait depuis 2015, au poste de directeur général adjoint de la santé.

Philippe Bouyoux, inspecteur général des finances, constituait depuis janvier 2020 avec Olivier Schiller, président de Septodont, le « binôme d’ambassadeurs ETI » chargé de « promouvoir les priorités et les préoccupations des ETI auprès des services de l’État ».

Nommé en février 2012 au poste de commissaire général adjoint à l’investissement, il a été à partir de septembre 2013 ministre conseiller pour les affaires économiques, chef de service économique régional ayant compétence sur la zone États-Unis. Il a également été conseiller technique au cabinet d’Alain Juppé à Matignon (1996-1997) et conseiller au cabinet de Francis Mer puis de Nicolas Sarkozy à Bercy (2002-2004).